O Arquivo Histórico do Museu Transgênero de História e Arte (AHMUTHA) foi criado, administrado, produzido e gerido por Ian Habib até 2022/2023. A partir de 2023, a Associação do Arquivo Histórico do Museu Transgênero de História e Arte (AAHMUTHA) será responsável pela gestão do AHMUTHA no que compete à produção, preservação, pesquisa e difusão dos mesmos através da Diretoria Presidencial, Diretoria Executiva e Assembléia Geral.
Cabe à AAHMUTHA, através da composição de seu organograma institucional, a responsabilidade do gerenciamento do acervo do AHMUTHA no que tange à produção de regulações e procedimentos técnicos para difusão, pesquisa e salvaguarda dos seus bens.
A abertura do AAHMUTHA foi financiada com o apoio do prêmio Mulheres em Movimento 2021 do FUNDO ELAS+.